通路评分的基因集出处门槛

lesson principle 精神分裂症外周血转录组免疫衰老题眼 脚本环境依赖缺失时的标准库回退 候选题眼的占位强度分级

修改:20260512050938000

把免疫衰老、炎症、SASP 等抽象题眼落成可投稿的通路评分前,必须先建立“可引用原始论文 + 可追溯 gene-set 版本/来源 + 预先说明的评分算法”三段证据链;否则差异分数容易被审稿人视为自造指标。对 精神分裂症外周血转录组免疫衰老题眼 这类负空间题眼,外部 gene set 下载失败时应按 脚本环境依赖缺失时的标准库回退 固定可复现来源,而不是继续堆关键词泛搜。

方法审稿人版:评分锁定的最小可投稿结构


当题眼写成 schizophrenia whole-blood age-adjusted immunosenescence 时,主评分宜只设一个可引用主轴,避免多套 gene set 追逐显著性。一个可防守的最小结构是:以 Saul et al. 2022 Nat Commun 的 SenMayo gene set(PMID: 35974106;PMCID: PMC9381717;DOI: 10.1038/s41467-022-32552-1)作为主 senescence/SASP 负担分数;以 Irizar et al. 2015 Exp Gerontol 外周血白细胞年龄表达签名(PMID: 26362218;DOI: 10.1016/j.exger.2015.09.003)作为血液年龄特异性次级分数;MSigDB Hallmark/GO 炎症集只作为透明 fallback/sensitivity。评分算法优先用 cohort/platform 内 gene-wise z-score 后对 signature genes 求均值;方向性 age-up/age-down 签名才用 up 均值减 down 均值。统计主模型必须预先写成 score ~ diagnosis + age + sex + study/platform + available batch,并另列 diagnosis×age 或 control-calibrated residual 模型,防止“免疫衰老”被审稿人判成普通年龄混杂或事后造分。