样本顺序校验的主键同构原则

lesson method GEO 预处理状态三角校验 GEO series_matrix 头部流式盘点 脚本环境依赖缺失时的标准库回退

修改:20260512055935000

做表达矩阵与 phenotype 的样本顺序校验时,比较字段必须是同一实体层级的主键:表达列通常是 GSM/sample ID,不能拿 Series accession、队列名或诊断标签代替。该检查应作为 GEO 预处理状态三角校验 的一部分,在 GEO series_matrix 头部流式盘点 后同时报告 exact-order match 与 same-set match,避免把解析器字段选择错误误判为数据错位。

锁定审计的最小字段


完成 first-pass QC 后,样本顺序门槛还应追加一个“ID/metadata lock”小表:逐队列比较 raw !Sample_geo_accession、raw expression table header、derived expression columns、phenotype sample_id 的 exact-order 与 same-set;同时证明 phenotype 的 Series-level accession 若为常量(如 GSE38481)不得作为样本键。诊断/年龄/性别字段也应从 raw !Sample_characteristics_ch1 与派生 phenotype 逐样本同序比较并列出 missing counts。这样 QC 报告不只说“样本数一致”,还能排除字段抽取或列顺序错位对下游模型的污染。